2006年1月23日，政府在北京中关村科技园区建立了新的股份转让系统，即“新三板”。与老三板的根本不同在于，“新三板”的挂牌企业是注册于国家高新技术产业园区的“创新性企业”，主要品种包括 IT信息业、生物制药、新材料、新能源、文化传媒等质地优良的公司。新三板的创立目标是成为这些企业成长的孵化器，解决企业的融资问题，完善企业的公司治理水平。新三板被誉为创业板上市企业的孵化器，可视为创新型企业进入资本市场的第一步。通过价格发现、引入风险投资、私募增资、银行贷款等方式增强挂牌企业的融资能力，同时，通过规范运作、适度信息披露、相关部门监管等，可以促进挂牌企业健全治理结构，熟悉资本市场，促进试点企业尽快达到创业板上市公司的要求。

“新三板”主要是为了让暂时不符合主板及创业板上市标准或者等不起排队时间的公司，可以由原股东和愿意购买公司股票的投资者直接交易，通过"新三板"上市，可以实现最快速的融资。
2014年新三板全面扩容，截至2014年12月31日，新三板挂牌数为1,572家，2014年新增挂牌1216家，同比增加3.4倍。2014年8月25日，千呼万唤的新三板做市商业务正式开始实施，从投资者到挂牌公司均对此期待甚高，整个新三板市场因此迎来新气象，其流动性或许“全面复活”。尤其近期新三板的交投持续火热，2015年3月9日新三板共有350只股票出现交易，单日总成交突破13亿元，达到13.22亿元。此外，政策方面也利好新三板转板机制和未盈利的创业企业挂牌新三板，两会期间，证监会表示，2015年证监会将调研和试点多层次市场转板机制，考虑先从新三板与创业板之间的转板机制进行试点，因此新三板或将迎来一场前所未有的资本盛宴。

中商产业研究院发布的《2015年版木聚糖酶企业新三板上市指引及案例研究报告》全面系统介绍了新三板相关方面的操作，对木聚糖酶企业新三板挂牌要求、新三板挂牌上市操作流程、新三板挂牌资本运作等进行深度解析，并对近年来的新三板挂牌企业案例做了梳理和研究，是木聚糖酶行业中小企业挂牌新三板重要参考工具。

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